第一種原動機付自転車（つまり排気量が50cc以下）の運転に必要な免許と第二種原動機付自転車（つまり125cc以下）の運転に必要な免許は区別して扱わなければならない。また速度制限や交差点での右折の方法に関する規則も異なっている。
第一種原動機付自転車の運転に必要な免許
道路交通法上の原動機付自転車（前述）を公道上で運転するためには原動機付自転車免許（正式な略称「原付免許」）を受け、運転中はその運転免許証を携帯することが必要で、警察官から求められればその運転免許証を提示しなければならない。原付免許は16歳から取得が可能である。試験は学科試験の筆記試験のみで、技能試験は必要ないが、事前または事後に運転免許試験場、警察署、指定自動車教習所などが主催する技能講習を受けなければ、免許証は交付されない。技能講習修了済みでなければ学科試験の申し込みができない地域もある。
なお、大型免許、中型免許、準中型免許、普通免許、大型特殊免許、大型二輪免許、普通二輪免許の第一種免許を受けた人は、「それぞれ同表の下欄に掲げる種類の自動車等を運転することができる」とされており、いずれも末尾に「原動機付自転車」も含まれている。つまり大型免許、中型免許、準中型免許、普通免許、大型特殊免許、大型二輪免許、普通二輪免許のいずれかの第一種免許を受けている人は第一種原動機付自転車（つまり50cc以下の原付）を運転することができる。 
道路交通法上の原動機付自転車（つまり第一種原付、50cc以下）について、他の自動車と比べた場合の主な違いは、政令で定める最高速度が30km/hであり、交通整理が行われている交差点で法が定める条件に該当する場合に『二段階右折』が義務づけられる点である。
道路運送車両法等による、登録の必要がないリヤカーを牽引して走行することが認められているが、積載量や車両寸法、最高速度に制限があるほか、条例により、運行に条件がつく場合がある。
ヘルメット着用は、1986年（昭和61年）より義務づけられた。1970年代後半から、ヘルメット着用義務のない手軽な乗り物としてスクーターを中心に急速に普及したが、それに伴い交通事故が増えたことにより、ヘルメット着用が義務づけられることとなった。
第二種原動機付自転車の運転に必要な免許
排気量が50cc超125cc以下つまり第二種原動機付自転車の運転に関しては、2005年に法制度が変更され「小型限定普通二輪免許」が設けられたので、それを取得すればよい。運転中はその運転免許証を携帯する必要があり、警察官から求められればその運転免許証を提示しなければならない。
普通自動二輪車の免許（普通自動二輪免許）や大型自動二輪車の免許（大型自動二輪免許）を取得している人は、その免許で第二種原動機付自転車を運転することもできる。
なお第二種原動機付自転車は、「原動機付自転車免許」（つまり第一種原動機付自転車用の免許、50cc以下の原付のための免許）では運転できない。また第二種原動機付自転車は、四輪の普通免許、中型免許、大型免許などを受けているだけでも運転できない。つまり四輪の免許だけでは運転できない。第二種原動機付自転車の運転に必要な免許を受けていないのに第二種原動機付自転車を運転してしまうと「無免許運転」として扱われる。（四輪の免許しか得ていないのに第二種原付を運転したら明白な無免許運転である。）
第二種原動機付自転車は、第一種原動機付自転車とは異なり、制限速度は 60 km/hであり、交差点で二段階右折をしなくてもよい。